El material depositado en el Herbario LEB se organiza en nueve colecciones principales.
LEB-Cormo
El conjunto de esta colección de cormófitos, alcanza en la actualidad 130.000 pliegos, aproximadamente. Se encuentra dividido en dos partes: pteridófitos y fanerógamas, además de una colección temática de Brasil (LEB-Brasil).Los tipos no aparecen integrados en el conjunto de la colección de fanerógamas; se mantienen independientes con el objeto de evitar el deterioro que puede ocasionar la manipulación más o menos habitual y continua del resto de los pliegos. En total, ascienden a 416 ejemplares los cuales se distribuyen como sigue: 136 holotipos, 107 isotipos, 1 neotipo, 1 isoepitipos y 178 paratipos.
LEB-Brasil
La colección de Brasil corresponde, fundamentalmente, a las plantas herborizadas en relación con diversas memorias doctorales elaboradas por alumnos de ese país y dirigidas por investigadores de la Universidad de León en la década de los 90.
LEB-Fungi
Colección informatizada y dispuesta en orden alfabético de géneros y especies, alcanza, aproximadamente, 4.300 especímenes. Las provincias mejor representadas son León, con casi 2.500 muestras y Huelva con, aproximadamente, 500.
LEB-Lichen
Esta colección contiene 8.000 pliegos. Se encuentra informatizada y organizada por orden alfabético de géneros y especies. La mayor representación corresponde a la provincia de León, con 6.500 muestras, aproximadamente, seguida de Zamora con cerca de 1.200.
Cabe destacar la existencia de 3 ejemplares tipo en esta colección, concretamente 1 isotipo y 2 paratipos.